Bayraklı ist der Vorgänger von Smyrna, welches wiederum der Vorgänger des modernen Izmir ist. Die Fundstätte liegt daher am Ende des Golfs von Izmir im Stadtzentrum. Die ersten Ausgrabungen fanden in den Jahren 1948-1951 statt und wurden gemeinsam von John Cook, James Brock und Ekrem Akurgal durchgeführt.
Von 1966 bis 1992 leitete Ekrem Akurgal Ausgrabungen, bei denen er sich auf die geometrische Epoche und spätere Besiedlungen konzentrierte. Die dritte Grabungskampagne unter der Leitung von Meral Akurgal dauerte von 1993 bis 2014. Bereits die frühesten Ausgrabungen deuteten darauf hin, dass die Besiedlungsgeschichte bis in die frühe Bronzezeit zurückreicht. Ekrem Akurgal entdeckte drei verschiedene prähistorische Schichten. Die erste reichte von der ersten Hälfte des 3. Jahrtausends v. Chr. bis etwa 2000 v. Chr. Aus dem 2. Jahrtausend v. Chr. wurde zahlreiche Keramik gefunden, vor allem rote und graue Ware. Die Gefäßtypen ähneln anderen anatolischen Formen, insbesondere jenen, die aus Larisa (Hermos) bekannt sind. Laut E. Akurgal geht die erste aiolisch-griechische Siedlung auf 1050-1000 v. Chr. zurück. Mykenische Keramik wurde nicht gefunden.