Höyük yerleşimi, Muğla'nın Fethiye ilçesine bağlı Çaltılar köyünün güney tarafında yer almaktadır.Çaltılar Höyük, Muğla’nın doğusunda, Seki Ovası’nın kuzeydoğusunda ve Elmalı Ovası’nın 30 km kuzeybatısında yer almaktadır. Höyüğün doğusundan Küçüklü Çayı, batısından ise Çobanisa Deresi geçmektedir. Ayrıca, höyüğün yaklaşık 300 m kuzey / kuzeybatısında Kırkpınar olarak tanımlanan bir su kaynağı bulunmaktadır. Küçüklü Çayı, höyüğün güneybatısından geçen Karaçulha Çayı ile birleşerek Eşen Çayı’nı oluşturarak Seki Ovası’na akmaktadır. Bu bağlamda, höyük, Antik Dönem Xanthos nehir sistemini oluşturan su kaynaklarının bulunduğu bölgede stratejik bir konuma sahiptir. Bölge, Hitit metinlerinde "Lukka" olarak anılan coğrafi alanı kapsamaktadır.Yerleşim yaklaşık 3 hektar büyüklüğünde ve 12 metre yüksekliğindedir. Nicoletta Momigliano başkanlığındaki bir arkeoloji ekibi tarafından 2008-2012 yılları arasında incelenmiş ve yayınlanmıştır. Yerleşimdeki arkeolojik kazıları 2021'den bu yana Hacettepe Üniversitesi'nden Ayşegül Aykurt üstlenmektedir.2021 yılında başlayan kazılar, Batı Anadolu’nun prehistorik dönemleri hakkında önemli bulgular sunmuştur. Kazılar, höyüğün Geç Kalkolitik Dönem, Erken Tunç Çağı, Orta Tunç Çağı, Geç Tunç Çağı ve Arkaik Dönem’de yerleşim gördüğünü ortaya koymuştur. Yapılan kazı ve jeoarkeolojik araştırmalar, Geç Kalkolitik Dönem yerleşiminin günümüz ova seviyesinin yaklaşık 4 m altında, höyüğün bulunduğu alandaki bir bataklık kenarında yer aldığını göstermiştir. Erken Tunç Çağı’nın başında bataklığın kurumasıyla birlikte yerleşim höyüğün bulunduğu alana kaymış ve ETÇ II sonu / III başına kadar bu bölgede devam etmiştir.Bu dönemin ardından höyük terk edilmiş; Orta Tunç Çağı’nda yeniden yerleşim alanı olarak kullanılmış ve tekrar terk edilmiştir. Geç Tunç Çağı’nda höyüğün kuzeydoğusu mezarlık alanı olarak kullanılmıştır; ancak mezar sahiplerine ait yerleşim yerleri henüz tespit edilmemiştir. Uzun bir süre terk edilen höyük, İ.Ö. 7. yüzyılın ikinci yarısı ile 6. yüzyılın ilk yarısında yeniden yerleşilmiştir. Bu yerleşim, yaşanan bir depremle sona ermiştir.Kazılar, Çaltılar Höyük’teki yerleşimlerin Anadolu’nun iç kesimleri ve denizaşırı bölgelerle bağlantılı olduğunu göstermiştir. Bu bulgular, bölgenin tarihsel ve kültürel önemini artırmakta ve antik dönemler hakkında daha derin bir anlayış sağlamaktadır.